İdrar Kültürlerinden İzole Edilen Escherichia coli Suşlarında Sınıf 1 ve Sınıf 2 İntegron Gen Kasetlerinin Karakterizasyonu Çok Merkezli Bir Çalışma
Yazarlar (15)
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Türkiye
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Türkiye
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
Prof. Dr. Umut Safiye ŞAY COŞKUN
Tokat Gaziosmanpaşa Üniversitesi, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
T.C. Sağlık Bakanlığı, Türkiye
Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi, Türkiye
| Makale Türü | Özgün Makale |
| Makale Alt Türü | SSCI, AHCI, SCI, SCI-Exp dergilerinde yayınlanan tam makale |
| Dergi Adı | Mikrobiyoloji Bülteni |
| Dergi ISSN | 0374-9096 Wos Dergi Scopus Dergi |
| Dergi Tarandığı Indeksler | SCI-Expanded |
| Dergi Grubu | Q4 |
| Makale Dili | Türkçe |
| Basım Tarihi | 04-2016 |
| Cilt No | 50 |
| Sayı | 2 |
| Sayfalar | 175 / 185 |
| DOI Numarası | 10.5578/mb.24228 |
| Makale Linki | www.mikrobiyolbul.org |
| Özet |
| Escherichia coli hem hastane hem de toplum kaynaklı üriner sistem enfeksiyonlarında en sık izole edilen etkendir. Ülkemizde E.coli suşlarının antibiyotik duyarlılıkları ile ilgili farklı merkezlerde yapılmış çok sayıda çalışma olmakla birlikte, özellikle idrar kültürlerinde üreyen klinik E.coli izolatlarında sınıf 1 ve sınıf 2 integron taşıyıcılığıyla ilgili çalışmalar oldukça azdır. Bu çalışmada, idrar örneklerinden izole edilen E.coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının ve integron gen kasetleri varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Haziran 2011-Haziran 2012 tarihleri arasında, ülkemizin farklı bölgelerindeki 10 ilin (Denizli, Ankara, Kayseri, Niğde, Şanlıurfa, Kahramanmaraş, Tokat, Malatya, Konya ve Trabzon) 10 hastanesinde, mikrobiyoloji laboratuvarına gönderilen idrar örneklerinden izole edilen 626 E.coli suşu dahil edilmiştir. İzolatların tanımlanması ve antibiyogramları konvansiyonel yöntemler, Vitek® 2 Compact (bioMérieux, Fransa) ve BD Phoenix(TM) 100 (Becton Dickinson, ABD) sistemleriyle yapılmıştır. Standardizasyonun sağlanması amacıyla, tüm izolatların antibiyotik duyarlılığı, çalışmanın yapıldığı merkezde CLSI önerileri doğrultusunda KirbyBauer disk difüzyon yöntemiyle tekrarlanmıştır. Suşlarda integron varlığı, sınıf 1 (intI1) ve sınıf 2 (intI2) integraz gen bölgeleri için özgül primer çiftleri kullanılarak polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle araştırılmıştır. İntegron amplifi kasyonunun gerçekleştirildiği örnekler klonlanarak DNA dizi analizine tabi tutulmuştur. İzolatların antibiyotik direnç oranları incelendiğinde, en yüksek direncin, ampirik tedavide sık kullanılan ampisilin (ortalama direnç oranı: %58.6; aralık: %43.8-%73.2) ve trimetoprim-sülfametoksazol (SXT) (ortalama direnç oranı: %41.2; aralık: %35.4-%45.8) için saptandığı görülmüştür. İzolatlara karşı en etkin antibiyotiklerin ise imipenem (ortalama direnç oranı: %0.2; aralık: %0-%1.1) ve amikasin (ortalama direnç oranı: %0.6; aralık: %0-%3.2) olduğu belirlenmiştir. İzolatların intI1 geni pozitifl ik oranı %25.8 (162/626), sınıf 1 integron gen kaseti oranı ise %16.6 (104/626) olarak bulunmuş; bu oranlar intI2 geni ve sınıf 2 gen kaseti için sırasıyla %5.1 (32/626) ve %3 (19/626) olarak saptanmıştır. İntI1 geni pozitifl iği en düşük (%16.6) Kayseri, en yüksek (%35.4) Kahramanmaraş izolatlarında tespit edilmiştir. Denizli ve Kayseri izolatlarında intI2 geni görülmezken, en yüksek oran %12.1 ile Şanlıurfa izolatlarında belirlenmiştir. İntegron gen kasetleri içerisindeki genler incelendiğinde, en sık bulunan dfrA1 geni 31 adet sınıf 1 integron gen kasetinde tek başına, 18 adet sınıf 1 integron gen kasetinde aadA1 ile birlikte tespit edilmiş, sadece bir suşta aadA1a ile birlikte bulunmuştur. dfrA17 alelinin, bir suşta tek başına, 28 suşta aadA1 ile birlikte ve 15 suşta da aadA5 ile birlikte olduğu izlenmiştir. aadA1 ise tek başına dört suşta saptanmıştır. Sınıf 2 integron gen kasetlerinden dfrA17-sat-aadA5 birlikteliği altı merkeze ait izolatlarda, dfrA1-sat-aadA1 birlikteliği bir Ankara izolatında ve tek başına dfrA1 sadece bir Niğde izolatında tespit edilmiştir. Çalışmamızın verileri, idrar kültürlerinden izole edilen E.coli suşlarındaki sınıf 1 ve sınıf 2 gen kasetlerinde en sık rastlanan genlerin dfrA1 ve aadA1 olduğunu göstermiştir. Sonuç olarak, streptomisin (%31.2) ve SXT'e (%41.2) karşı rastlanan yüksek direnç oranlarının, suşlardaki integron aracılı dfr, sul1 ve aad genlerinin yaygınlığını gösterdiği kanısına varılmıştır |
| Anahtar Kelimeler |
| Escherichia coli | urine culture | antibiotic resistance | integron gene cassette | Turkey |
BM Sürdürülebilir Kalkınma Amaçları
| Atıf Sayıları | |
| WoS | 8 |
| TRDizin | 3 |